Les vestiges de la colonie romaine affleurent régulièrement dans la région de Nyon. Dès le 18e siècle, ils sont mentionnés, mais dispersés. Au 19e siècle, avec les progrès de l’archéologie, des fouilles plus systématiques sont organisées. Théodore Wellauer, instituteur, ouvre un musée en 1860 et la collection ne cesse de s’agrandir. En 1979, le Musée romain est aménagé dans la basilique romaine du forum, découverte trois ans auparavant.

Fondée par Jules César en 45 av. J.-C., la Colonia Iulia Equestris s’étend au bord du Lac Léman, entre le pays de Gex, le Jura et l'Aubonne et son centre urbain figure sur l’acropole tabulaire à l’emplacement actuel du château et de la vieille ville.

Des recherches archéologiques sont régulièrement menées sur le site lors de projets immobiliers ou de génie civil. Ils ont permis de mettre à jour des vestiges exposés au musée, mais aussi l’amphithéâtre, le théâtre, le marché, l’aqueduc ou les bains publics.